২০০৯-১০ আর্থিক বছর হতে ২০১৩-১৪ আর্থিক বছর পর্যন্ত ১২.৫০ কোটি টাকা ব্যয়ে প্রতিষ্ঠানটি স্থাপন করা হয়।
২০০৯-১০ অর্থ বছরে ০৪ বছর মেয়াদী মৎস্য ডিপ্লোমা কোর্সে ১ম ব্যাচের শিক্ষার্থী ভর্তি করা হয় এবং এখন পর্যন্ত উক্ত কার্যক্রম অব্যহত আছে।
প্রকল্পের কোন জনবল না থাকায় মৎস্য প্রশিক্ষণ ইন্সটিটিউট, চাঁদপুর এর জনবল দিয়ে কোর্সটি ২০১৭ খ্রি. পর্যন্ত পরিচালনা করা হয়।
২০১৭ এর ডিসেম্বর মাসে রাজস্ব খাতে মৎস্য ডিপ্লোমা ইন্সটিটিউট, চাঁদপুর এর জনবল কাঠামো অনুমোদনের মাধ্যমে এটি একটি স্বতন্ত্র প্রতিষ্ঠান হিসেবে আত্মপ্রকাশ করে।